Skip to contents

ChEBI Ontology Table (Chemical Entities of Biological Interest)

Source: R/data_chebi.R
chebi.Rd

A data frame of ChEBI ontology terms downloaded from BioPortal on June 19, 2025. ChEBI defines biologically relevant small molecules and compounds.

Usage

chebi

Format

A data.frame with 6 columns:

id

ChEBI term ID (e.g., "CHEBI:15377").

name

Common compound name (e.g., "water").

parents

Vector of parent term IDs.

children

Vector of child term IDs.

ancestors

All ancestor term IDs.

obsolete

Logical flag indicating whether the term is obsolete.

Source

BioPortal ChEBI Ontology, downloaded June 19, 2025.

Examples

data(chebi)
head(chebi)
#>                      id                 name                  parents
#> CHEBI:24431 CHEBI:24431      chemical entity                         
#> CHEBI:23367 CHEBI:23367     molecular entity              CHEBI:24431
#> CHEBI:24870 CHEBI:24870                  ion              CHEBI:23367
#> CHEBI:24867 CHEBI:24867       monoatomic ion CHEBI:24870; CHEBI:33238
#> CHEBI:23905 CHEBI:23905     monoatomic anion CHEBI:24867; CHEBI:22563
#> CHEBI:33429 CHEBI:33429 monoatomic monoanion CHEBI:23905; CHEBI:36830
#>                                                                                                                                                                                                      children
#> CHEBI:24431                                                                                                                                                CHEBI:23367; CHEBI:24433; CHEBI:33250; CHEBI:59999
#> CHEBI:23367                                       CHEBI:24870; CHEBI:26519; CHEBI:24835; CHEBI:33259; CHEBI:33579; CHEBI:33497; CHEBI:36357; CHEBI:46617; CHEBI:35568; CHEBI:139358; CHEBI:13193; CHEBI:17499
#> CHEBI:24870                                                                             CHEBI:24867; CHEBI:22563; CHEBI:36916; CHEBI:36358; CHEBI:36875; CHEBI:36914; CHEBI:25699; CHEBI:190496; CHEBI:190501
#> CHEBI:24867                                                                                                                                                             CHEBI:23905; CHEBI:23906; CHEBI:27365
#> CHEBI:23905                                                                                                                                                                          CHEBI:33429; CHEBI:50086
#> CHEBI:33429 CHEBI:30151; CHEBI:16042; CHEBI:30030; CHEBI:30166; CHEBI:29435; CHEBI:33010; CHEBI:29104; CHEBI:30144; CHEBI:29102; CHEBI:30585; CHEBI:33469; CHEBI:33496; CHEBI:33503; CHEBI:37130; CHEBI:37254
#>                                                                                                                                    ancestors
#> CHEBI:24431                                                                                                                      CHEBI:24431
#> CHEBI:23367                                                                                                         CHEBI:24431; CHEBI:23367
#> CHEBI:24870                                                                                            CHEBI:24431; CHEBI:23367; CHEBI:24870
#> CHEBI:24867                                                     CHEBI:24431; CHEBI:23367; CHEBI:24870; CHEBI:33259; CHEBI:33238; CHEBI:24867
#> CHEBI:23905                           CHEBI:24431; CHEBI:23367; CHEBI:24870; CHEBI:33259; CHEBI:33238; CHEBI:24867; CHEBI:22563; CHEBI:23905
#> CHEBI:33429 CHEBI:24431; CHEBI:23367; CHEBI:24870; CHEBI:33259; CHEBI:33238; CHEBI:24867; CHEBI:22563; CHEBI:23905; CHEBI:36830; CHEBI:33429
#>             obsolete
#> CHEBI:24431    FALSE
#> CHEBI:23367    FALSE
#> CHEBI:24870    FALSE
#> CHEBI:24867    FALSE
#> CHEBI:23905    FALSE
#> CHEBI:33429    FALSE